在我国对外开放的格局中，综合保税区占据着极为关键的位置。作为经国务院批准设立在内陆地区、具备保税港区“功能的海关特殊监管区域，它已成为海关特殊监管区域整合与发展的核心方向。截至2024年底，全国综保区数量已超160个，其蓬勃发展之势可见一斑。根据《中华人民共和国海关综合保税区管理办法》，区内企业可以依法开展以下业务:
综合保税区业务主要分为“一线”和“二线业务。“一线”业务指的是综合保税区等海关特殊监管区域与境外贸易的进出境货物;“二线业务则是与国内其他地区贸易的货物。
关键单证-一保税核注清单
依据海关总署关于启用保税核注清单的公告(2018年第23号)，保税核注清单是金关二期保税底账核注的专用单证，在加工贸易及保税监管业务里扮演着重要角色。
无论是货物进出境、进出海关特殊监管区域、保税监管场所，还是开展海关特殊监管区域、保税监管场所、加工贸易企业间保税货物流(结)转业务，相关企业都得按照金关二期保税核注清单系统设定的格式和填制要求，向海关报送保税核注清单数据信息，之后再依据实际业务需求
一线业务：保税区进出口操作流程
1、国际进口到保税区：
第一步申报进口保税核注清单；
第二步申报对应进口备案清单，货物放行或口岸检查/目的地检查，若口岸检查，需要在口岸完成检查放行后方可提货；
第三步车辆在口岸提离货物；
第四步车辆到达综合保税区，用保税核注清单捆绑车辆核放单；
第五步车辆过卡送货或完成目的地查验/核放单查验后完成送货。
2、国际出口：
货物在综保区企业仓库内装车，第一步申报进口保税核注清单；
第二步用保税核注清单捆绑车辆核放单，车辆出区，若核放单查验需要完成后出区；
第三步车辆到达离境口岸，申报对应出口备案清单，货物放行或查验，口岸完成查验；
第四步货物离境。
二线业务：保税区间调拨操作流程
海关特殊监管区域、保税监管场所、加工贸易企业间加工贸易及保税货物流转，应先由转入企业报送进口保税核注清单，再由转出企业报送出口保税核注清单。
1、综保区企业出口到其他特殊监管区域
第一步其他特殊监管区域进口方申报进口保税核注清单；
第二步综保区内企业关联进口保税核注清单申报出口核清单；
第三步出口方捆绑车辆出区核放单，车辆出区，若核放单查验需要完成后出区；
第四步车辆到达收货方综保区，捆绑车辆进区核放单，车辆进区，若核放单查验需要完成后进区送货。
2、其他特殊监管区域出口到综保区
第一步综保区企业申报进口保税核注清单；
第二步出口方关联进口保税核注清单申报出口保税核清单；
第三步综保区企业捆绑车辆出区核放单，车辆出区，若核放单查验需要完成后出区；
第四步车辆到达收货方特殊监管区域，捆绑车辆进区核放单，车辆进区，若核放单查验需要完成后进区送货。
3、综保区出口到区外加工贸易企业
第一步区外加工贸易企业申报进口保税核注清单；
第二步综保区内企业出口关联进口保税核注清单申报出口保税核清单；
第三步出口方捆绑车辆出区核放单，车辆出区，若核放单查验需要完成后出区；
第四步车辆送货至加工贸易企业。
4、区外加工贸易企业出口到综保区
第一步综保区企业申报进口保税核注清单；
第二步出口方关联进口保税核注清单申报出口保税核清单；
第三步车辆到达综保区，捆绑车辆进区核放单，车辆进区，若核放单查验需要完成后进区送货。
5、一般贸易企业出口到综保区
区外一般企业出口到国内综保区，综合保税区被视为“境内关外”，从境内区外进入综合保税区的货物，视同出口，可以享受出口退税。
第一步综保区企业申报进口保税核注清单；
第二步出口方关联进口保税核注清单申报出口报关单；
第三步车辆到达综保区，捆绑车辆进区核放单，车辆进区过卡时触发报关单查验或结关，若报关单查验、核放单查验需要完成后进区送货。
6、综保区货物出口到区外一般企业:
出区内销的货物，因使用保税料件产生的边角料、残次品、副产品，加工生产、储存运输中产生的包装物料，以及外发加工至区外产生的边角料、残次品、副产品不运回综合保税区的，按照货物实际状态缴纳进口关税和进口环节税。
第一步综保区企业申报出口保税核注清单；
第二步进口方关联出口保税核注清单申报进口报关单；
第三步进口方缴纳税款，报关单放行；第四步捆绑车辆出区核放单，车辆出区过卡时触发报关单查验或结关，若报关单查验、核放单查验需要完成后出区送货。
另外，根据海关总署公告2010年第22号《关于公布海关特殊监管区域有关管理事宜》，综保区常见监管方式和适用情况如下表：
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