在部分保税区升级为自贸试验区后，综合保税区也迎来升级版。
国务院总理李克强1月2日主持召开国务院常务会议，部署对标国际先进水平促进综合保税区升级，打造高水平开放新平台。
从1990年中国第一个保税区——外高桥保税区成立以来，中国目前共有138个海关特殊监管区，分六大类：保税区、保税物流园区、出口加工区、保税港区、综合保税区和跨境工业园区等。这些海关特殊监管区域，为承接国际产业转移、推进区域经济协调发展、促进对外贸易和扩大就业等作出了积极贡献。
这六大类海关特殊监管区中，综合保税区的能级相对较高。也因此，2015年8月国务院办公厅印发的《加快海关特殊监管区域整合优化方案》提出：
推进海关特殊监管区域整合
整合类型。逐步将现有出口加工区、保税物流园区、跨境工业区、保税港区及符合条件的保税区整合为综合保税区。新设立的海关特殊监管区域统一命名为综合保税区。
整合功能。逐步整合海关特殊监管区域保税功能，使其具有服务外向型经济发展和改革开放，连接国际国内两个市场、支持企业创新发展、满足产业多元化需求、发挥集约用地和要素集聚辐射带动作用等基本功能。
整合政策。规范、完善海关特殊监管区域税收政策，促进区内企业参与国际市场竞争，同时为其参与国内市场竞争创造公平的政策环境。
整合管理。逐步统一海关特殊监管区域信息化管理系统，统一监管模式。整合管理资源，加快完善管理部门间的合作机制，实现相关管理部门信息互换、监管互认、执法互助（以下称“三互”），加强事中事后监管。简化整合、新设海关特殊监管区域的审核和验收程序，提高行政效率。
对此，货之家崔总认为:综合保税区的升级整合和统一管理对于跨境电商保税仓储无疑是重大的利好消息，将出口加工区、保税物流园区、跨境工业区、保税港区及符合条件的保税区整合为综合保税区便于跨境电商的发展。
国务院常务会议又提出了包括便利企业内销、促进研发创新、推进物流便利化、培育新业态、率先推广自贸试验区试点经验等完善综合保税区营商环境的5方面举措。
国务院常务会议提出，按照党中央、国务院关于推动形成全面开放新格局的决策部署，完善综合保税区营商环境，进一步促进贸易投资便利化，有利于稳外贸稳外资、保持合理进出口规模、打造对外开放新高地，有利于培育国内市场、激发内需潜力。
近年来，海关特殊监管区域企业开始积极参与国内市场，经营模式逐步向利用国内国外“两种资源，两个市场”方向转变。为便利内销和采购国产料件，区内企业希望能够取得一般纳税人资格，享受营改增改革带来的红利。
此外，我国的海关特殊监管区域以开展保税加工和保税物流业务为主，与制造业相关联的研发、销售、结算、维修等生产性服务业发展还不充分，跨境电子商务、融资租赁、期货保税交割等“保税+”新模式、新业态规模还不大。
从完善综合保税区营商环境角度出发，国务院常务会议提出：为了便利企业内销，在综合保税区推广增值税一般纳税人资格试点。允许区内加工制造企业承接境内区外委托加工。区内加工生产的手机、汽车零部件等，内销时不再申领自动进口许可证。改政策自2016年开始在7个海关特殊监管区域试点，目前则推广到全部的综合保税区。
此外，为了促进研发创新，国务院常务会议提出，除禁止进境的外，对区内企业用于研发的进口货物、物品免于许可。综合运用保税等政策，支持研发创新机构在区内发展。对区内新设研发、加工类企业，经评定符合标准的，直接赋予最高信用等级。
为了培育新业态，允许区内企业开展高技术、高附加值、符合环保要求的保税检测、全球维修和再制造业务。支持发展国际服务外包业务，促进跨境服务贸易。逐步在综合保税区全面适用跨境电商零售进口政策。支持具备条件的综合保税区开展商品期货实物保税交割业务。
与此同时，国务院常务会议还提出，支持综合保税区率先推广自贸试验区试点经验，推动各类海关特殊监管区域整合提升。
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